FC Helios Tartu is een Estische voetbalclub uit Tartu. De club werd in 1988 opgericht als EPT Juku Reintam en speelde tot 1991 in de Sovjet lagere divisies. Na de onafhankelijkheid van Estland werd de club omgedoopt tot FC Helios Tartu en speelt tot op heden in de Meistriliiga, de hoogste divisie van Estland.

De club heeft nog geen grote prijzen gewonnen, maar behaalde wel enkele successen. Zo werd de club in 2004 tweede in de bekerfinale en in 2005 derde in de competitie waardoor deelname aan de UEFA Cup werd afgedwongen.

FC Helios Tartu speelt zijn thuiswedstrijden in het Tamme Stadion, dat een capaciteit heeft van 1.500 toeschouwers. De clubkleuren zijn geel en groen.