Alajuelense is samen met Deportivo Saprissa de meest populaire voetbalclub van Costa Rica, afkomstig uit de stad Alajuela. Alajuelense werd op 18 juni 1919 opgericht. In 2004 won de club de Champions Cup door in de finale Deportivo Saprissa, eveneens uit Costa Rica, te verslaan (1-1, 4-1). Het is samen met Club Sport Herediano een van de twee clubs die nog nooit degradeerde uit de hoogste Costa Ricaanse voetbaldivisie.
Van 1985-1986 was de Nederlander Theo Cremers coach van Alajuelense.