Middlesbrough U21 is een Engels voetbalelftal uit Middlesbrough, dat uitkomt in de Premier League 2 Division 2. Het is het reserve-elftal van Middlesbrough FC.

Het team werd in 1999 opgericht als Middlesbrough Reserves. In 2012 werd de naam gewijzigd in Middlesbrough U21. Het team speelt zijn thuiswedstrijden in het Riverside Stadium.

Middlesbrough U21 is een van de meest succesvolle reserveteams in Engeland. Ze hebben de Premier Reserve League twee keer gewonnen (in 2004 en 2006) en de Premier Reserve League North twee keer (in 2002 en 2003).

Een aantal bekende spelers hebben voor Middlesbrough U21 gespeeld, waaronder Stewart Downing, Adam Johnson, David Wheater en Jason Steele.