SV 1899 Merseburg is een Duitse voetbalclub uit Merseburg in Saksen-Anhalt.

Opgericht als FC Germania Merseburg, werd de club in 1919 omgedoopt tot SV Merseburg 99. In 1948 werd de club opgeheven, maar in 1990 heropgericht onder de naam SV 1899 Merseburg.

De clubkleuren zijn blauw en wit. Het thuisstadion is het Stadion am Saaleufer.

SV 1899 Merseburg speelde in het verleden in de Regionalliga Nordost, de vierde klasse van het Duitse voetbal. Momenteel komt de club uit in de Sachsen-Anhalt-Liga, de zesde klasse.

Bekende oud-spelers zijn onder meer:

* Marcel Kandziora
* Florian Kunert
* Robert Mayer